Tout le monde entre à la fac sauf Pacey. Dawson est à l’U.S.C sur la côte californienne et le reste de la bande sur la côte est, aux alentours de Boston. Pacey y débarque également après avoir passé un été en mer en tant que mousse. Joey a été assez marquée par son baiser échangé avec Dawson la veille de son départ pour la Californie et en fait même le sujet d’un essai qui retient l’attention de son professeur de littérature. Dawson lui, se retrouve face à quelques désillusions dans sa mecque du cinéma et décide de rendre visite à Joey. Les retrouvailles ne se passent pas comme prévu et Dawson et Joey prennent peur en voyant la tournure que prend leur relation. Dawson décide d’abandonner l’U.S.C et de venir étudier à Boston. La décision ne sera pas du goût de Mitch, son père qui lui fera part de son désaccord avant d’être victime d’un accident mortel. Le choc est dur pour Dawson mais aussi pour toute la bande. Cela anéantit les prémices de renouveau entre lui et Joey. Dawson devient un grand soutien pour sa mère et sa petite sœur. Pacey devient cuisinier dans un restaurant en vogue, Jen connaîtra des désillusions amoureuses, comme souvent, et Jack aura des soucis avec sa confrérie, l’alcool et les études qui l’éloigneront de ses amis. D’abord peu enclin à l’apprécier Joey deviendra très amie avec sa compagne de chambre, Audrey, qui sera vite adoptée par la bande et qui finit même par sortir avec Pacey.

Pacey et Joey sont de retour. Dawson lui, a passé l’été avec Jack, Jen et Andie dont il s’est beaucoup rapproché. Lorsque Dawson et Joey se croisent, la situation est tendue... on ignore si leur amitié saura tenir bon. Joey est très absorbée par les préparatifs d’inscription à l’université tandis que Pacey apprend qu’il pourrait très bien ne pas être diplômé. Dawson retrouve l’un de ses vieux béguins d’enfance en la sœur de Pacey, Gretchen, revenue de la fac. Elle lui résistera un temps avant de tomber amoureuse de lui. Lorsque Pacey et Jen sont en danger durant une ballade en mer, Dawson viendra héroïquement les chercher. Abîmant de ce fait le bateau d’un certain Mr Brooks. Il se lie d’amitié avec le vieil homme revêche et apprend que celui-ci fut autrefois réalisateur. Dawson réalise un documentaire sur le vieux cinéaste avant que celui-ci ne décède en faisant de lui son héritier. Dawson fera don d’une partie de cet argent à Joey pour lui permettre d’aller à l’université. Chacun recevra son diplôme, mais les liaisons de Gretchen et Dawson et de Pacey et Joey ne résisteront pas à la fin de l’année. Les dernières images se terminent sur un baiser échangé entre Joey et Dawson.

Dawson et Joey ont passé l’été loin de l’autre et Joey tente de revenir vers Dawson qui la repousse demandant à Pacey de veiller sur elle. Pacey accepte et devient très proche de Joey. Andie revient de l’hôpital où l’on soignait sa dépression, mais lorsqu’elle avoue à Pacey l’avoir trompée, celui-ci la quitte. Jack vit désormais chez Jen et tous les deux sont très amis. Par l’intermédiaire de Jack, Jen va rencontrer Henry qu’elle va d’abord repousser avant d’en tomber amoureuse. Pacey à force d’être près de Joey en tombe amoureux, ses sentiments sont réciproques et tous deux craignent la réaction de Dawson... à juste titre. Joey repousse Pacey par peur de perdre Dawson mais celui-ci comprendra qu’il n’a pas le droit de lui demander un tel sacrifice et la laissera partir avec Pacey pour passer l’été en mer.

La toute nouvelle relation de Joey et Dawson connaît des tempêtes dès ses débuts. Jen tente de reconquérir Dawson, tandis que Pacey se remet de son aventure de la saison passée en faisant la connaissance d’Andie, nouvelle venue à Capeside. Celle-ci vient d’emménager avec son frère Jack. Bientôt Joey quitte Dawson avant de sortir avec Jack. Pacey tombe amoureux d’Andie qui le change en élève studieux... Pour digérer sa rupture avec Joey, Dawson réalise un film qui parle de leur histoire. Jack réalise qu’il est homosexuel et fait son coming out. Pacey, quant à lui, fidèle à lui-même tente de sauver Andie de la dépression qui la guette par la faute de ses soucis familiaux. A la fin de la saison, Joey reviendra vers Dawson avant de le quitter à nouveau...

C’est la rentrée des classes, Joey et Dawson, ainsi que Pacey profitent des derniers jours de vacances pour finir le film que Dawson prévoit de présenter à un festival, lorsque surgit Jen dans leur vie, venant bousculer leur petit équilibre. Jen séduit Dawson s’attirant les foudres de Joey. Leur histoire tourne court et Dawson se rend enfin compte que Joey se languit de lui. Comme un électron libre Pacey gravite autour du groupe, ouvrant les yeux de Dawson sur la belle Joey. Il séduit sa prof de lettres, leur brève aventure finit par un scandale qu’il parvient à étouffer pour sauver sa belle.

Dawson est une série qui raconte le quotidien d’une bande d’adolescents un peu bavards. Notre héros Dawson, grand passionné de cinéma, est ami avec la jolie Joey depuis l’enfance. Celle-ci éprouve un peu plus que de l’amitié pour lui. Pacey, le meilleur ami de Dawson, le faux cancre, oscille entre insouciance et maturité. Et parmi tout ce beau monde débarque Jen, jeune New-yorkaise au passé trouble.