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Fox Mulder est un brillant agent du FBI qui a pour passion les évènements liés aux "extraterrestres" depuis que sa sœur a disparu lorsqu’il avait 12 ans. La croyant enlevée par des êtres venus d’ailleurs, il s’évertue à suivre les pistes de toutes sortes d’affaires paranormales et c’est ainsi qu’il trouve les "affaires non classées" (X-Files), planquées dans le sous-sol du Bureau central du FBI à Washington. L’agent Scully, médecin de formation et récemment employée du FBI, est envoyée à ses côtés par ses supérieurs pour vérifier les méthodes de Mulder et les confronter à la science. Elle ne tardera pas à découvrir d’étranges affaires mais tentera pendant longtemps d’y confronter son esprit sceptique. Mulder et Scully découvriront au cours des années qu’un Consortium de personnes liées au Gouvernement et travaillant dans l’ombre mène une conspiration du silence quant aux évènements liés à l’existence de la vie extraterrestre et notamment de l’imminente colonisation de la Terre. Mulder et Scully se verront donc mener leurs enquêtes à bien tout en luttant contre ces hommes hors d’atteinte de la justice dans un but, montrer au grand jour la Vérité. Car la vérité est ici !